根据《中共常州市委常州市人民政府关于印发〈常州市人民政府机构改革实施意见〉的通知》(常发〔2010〕5号)，市卫生局为市政府工作部门。
一、职能调整
（一）将食品卫生许可、餐饮服务环节食品安全监管和保健食品、化妆品监督管理职责划给市食品药品监督管理局。将原常州食品药品监督管理局负责的食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的职责划入市卫生局。
（二）取消已由市政府公布取消的行政审批事项。
（三）增加组织实施药品法典、建立基本药物制度的职责；加强食品安全综合监督的职责；深化全市医药卫生体制改革，坚持公共医疗卫生的公益性质，坚持预防为主、以农村为重点、中西医并重的方针，坚持为人民健康服务的方向；加强对医疗服务、公立医疗机构的监督管理。
二、主要职责
（一）贯彻执行国家有关卫生工作的方针政策和法律法规，推进全市医药卫生体制改革，拟订卫生改革与发展的规划和规范性文件，并组织实施。
（二）贯彻执行国家基本药物制度和药物政策，组织实施药品法典和国家基本药物目录。
（三）编制全市卫生事业经费预算、决算，研究提出卫生服务价格建议，协同有关部门对全市医疗卫生收费进行指导和监督检查。
（四）研究指导全市医疗机构改革，规范全市城乡医疗机构的建设，负责全市医疗卫生机构大型医疗设备的配置计划、实施、管理和监督。
（五）组织实施医务人员执业标准、医疗质量标准、服务规范和职业道德规范，协调、指挥各种重大突发性、灾害性事故的医疗抢救工作。
（六）负责医疗机构医疗服务的全行业监督管理，组织实施医疗机构医疗服务、技术、医疗质量和采供血机构管理的政策、规范、标准。
（七）承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任，负责食品及相关产品的安全风险监测、评估、预警工作，公布食品安全日常监督管理信息。
（八）指导规范卫生行政执法工作，按照职责分工负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理，负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理，负责传染病防治及其监督管理。
（九）负责疾病预防控制工作，制定重大疾病防治规划、免疫规划和政策措施并组织实施，协调有关部门对重大疾病实施防控与干预。
（十）负责卫生应急工作，制定卫生应急预案和政策措施，负责组织突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置，指导突发公共卫生事件应急处置信息发布工作。
（十一）统筹规划与协调卫生资源配置，编制全市卫生事业发展规划、卫生资源配置计划，并组织实施和督查。
（十二）组织制订并实施农村卫生发展规划和政策措施，负责新型农村合作医疗的综合管理。
（十三）拟订社区卫生、妇幼卫生发展规划和政策措施，组织编制社区卫生服务体系建设规划并推进实施，负责妇幼保健的管理工作。
（十四）贯彻中西医并重的方针，拟订中医药事业发展规划、政策措施并组织实施，负责中医、中西医结合工作的管理。
（十五）负责组织、协调全市离退休干部和机关公务员的保健工作；负责全市重大活动的医疗保障工作。
（十六）拟订卫生人才队伍发展规划和卫生人才培养、教育、重点学科建设、医学科技发展规划并组织实施。
（十七）承担市政府血吸虫病地方病防治领导小组、市政府艾滋病防治工作委员会和市爱国卫生运动委员会的具体工作。
（十八）承办市委、市政府交办的其他事项。